平面设计应严格划分。对于有2~4个生物安全实验室的建筑物，应划分污染区域、半污染区域和清洁区域。建筑结构应特别加强，3级实验室应采用单层结构，4级必须采用。污染控制设计的动态隔离是核心。通风方式有两种：强力排风和全室换风。 强力排风可用通风柜(橱)，主要用于干法炭化、湿法消化、以及使用有毒有害气体和一些产生有毒有害气体的试验。
实验区域与办公区域分开，设备配件室和其他公共区域可置于两者中间；试剂存放室、气瓶室以及废液存放室不应设置于邻近办公区区域；对容易造成交叉污染又难于有效隔离的实验室，不宜设置在同一区域或邻近区域，大型精密仪器室按仪器的类型，一般分为光谱室、气相色谱室和液相色谱室。安装大型仪器的实验室，应安装专门的制冷设备，以保证室温和湿度的控制。
实验室应设置门禁系统，避免无授权人员随意进入实验室区域。实验室应防火，对于有危险物品的实验室，电线、照明、插座等都要按防爆设计，实验室设计应符合消防规范。样品储藏室要求通风良好，避光，一定的湿度。环境监测常涉及到的废液主要包含有机废液和无机废液，有机废液又包含含氯有机废液和非含氯有机废液。根据废液的类型，有机废液和无机废液需要分开存放，含氯有机废液和非含氯有机废液也要分开存放。
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