实验室应设置门禁系统，避免无授权人员随意进入实验室区域。实验室应防火，对于有危险物品的实验室，电线、照明、插座等都要按防爆设计，实验室设计应符合消防规范。明确微生物实验室检测菌体以及检测标准和方法才能进行下一步的实验室设计与规划。菌体的不同，决定微生物实验室洁净度等级的不同。灭菌室主要用于培养基的灭菌和各种器具的灭菌，室内应备有高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌设备及设施。
平面设计应严格划分。对于有2~4个生物安全实验室的建筑物，应划分污染区域、半污染区域和清洁区域。建筑结构应特别加强，3级实验室应采用单层结构，4级必须采用。污染控制设计的动态隔离是核心。通风方式有两种：强力排风和全室换风。 强力排风可用通风柜(橱)，主要用于干法炭化、湿法消化、以及使用有毒有害气体和一些产生有毒有害气体的试验。
应做排气：排气扇必须用于设备，排气管应为负压管，排气过滤器应能检测泄漏。实验室排气和实验室空气供应、安全柜排气应具有必要的互锁控制。对影响检测和校准结果的设施和环境条件的技术要求应制定成文件。相关的规范、方法和程序有要求，或对结果的质量有影响时，实验室应监测、控制和记录环境条件。设施：基础设施及操作台、通风柜、超净工作台、试剂柜、药品柜等，设备：有与原料、成品检验相适应的检测设备 管理制度。
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