实验室应设置门禁系统，避免无授权人员随意进入实验室区域。实验室应防火，对于有危险物品的实验室，电线、照明、插座等都要按防爆设计，实验室设计应符合消防规范。明确微生物实验室检测菌体以及检测标准和方法才能进行下一步的实验室设计与规划。菌体的不同，决定微生物实验室洁净度等级的不同。灭菌室主要用于培养基的灭菌和各种器具的灭菌，室内应备有高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌设备及设施。
平面设计应严格划分。对于有2~4个生物安全实验室的建筑物，应划分污染区域、半污染区域和清洁区域。建筑结构应特别加强，3级实验室应采用单层结构，4级必须采用。污染控制设计的动态隔离是核心。通风方式有两种：强力排风和全室换风。 强力排风可用通风柜(橱)，主要用于干法炭化、湿法消化、以及使用有毒有害气体和一些产生有毒有害气体的试验。
实验区域与办公区域分开，设备配件室和其他公共区域可置于两者中间；试剂存放室、气瓶室以及废液存放室不应设置于邻近办公区区域；对容易造成交叉污染又难于有效隔离的实验室，不宜设置在同一区域或邻近区域，大型精密仪器室按仪器的类型，一般分为光谱室、气相色谱室和液相色谱室。安装大型仪器的实验室，应安装专门的制冷设备，以保证室温和湿度的控制。
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